Do roku 1943 omawiany budynek służył jako dom modlitwy, szkoła, mieszkanie, siedziba gminy żydowskiej. Po wojnie budynek pełnił funkcje gospodarcze. Budowa synagogi rozpoczęła się w 1822 r. Obiekt określany początkowo mianem Szkoły Żydowskiej (bożniczej), czasem też bożnicą czy domem modlitwy, od początku był jednocześnie siedzibą zarządu gminy żydowskiej. Budynek ten funkcjonował równolegle z Wielką Synagogą, wybudowaną w 1810 r., położoną przy dawnej ul. Synagogalnej, obok Placu Straconych. Stara bożnica była budynkiem większym, bardziej reprezentacyjnym, bogatszym architektonicznie, z klasycyzującą elewacją.

Mała Synagoga do roku 1928 wciąż nie była ukończona; w dokumentach z tego roku czytamy, że był to „dom nowo na Szkołę Żydowską wybudowany, który wymaga wykończenia zarówno na zewnątrz jak wewnątrz celem uchronienia od ruiny i przed dalszymi szkodami”. Budynek prawie do połowy XIX wieku pozostawał nieukończony i powoli popadał w ruinę. Powodem tego był nie tylko wieloletni zastój na budowie spowodowany brakiem funduszy, ale także częściowe położenie budynku na dawnej średniowiecznej fosie obronnej miasta. Jeden narożnik znalazł się na gruncie nośnym i już w czasie budowy pojawiły problemy, ponieważ gmach stał nierówno. Budynek przez lata podupadał, na dachu pojawiły się szczeliny aż w końcu w 1863 r. częściowo zawalił się. W latach 1913 – 1914 przeprowadzono remont, głównie babińca. W czasie II Wojny Światowej Niemcy zdewastowali Dużą Synagogę, urządzając tam warsztat samochodowy, tym samym pozbawiając ją religijnego charakteru. W bożnicy przy ul Kwiatka od grudnia 1939 r. mieściła się siedziba nowo utworzonej Rady Żydowskiej (Judenrat), a także służby porządkowej. Po wojnie postanowieniem Sądu Grodzkiego w Płocku, właścicielem bożnicy przy ul. Kwiatka stał się Okręgowy Komitet Żydowski, jako następca prawny Gminy Wyznaniowej Żydowskiej.